商業登記電子証明書の取り方｜マイナンバーカードとの使い分けと手数料・証明期間

会社の申告や申請をオンラインで出すときは、代表者の 電子証明書 で電子署名をします（電子申告の準備の全体は「はじめての電子申告の準備」）。

一人社長の会社がよく使うのは、社長の マイナンバーカード と、登記所が出す 商業登記電子証明書 の2つです。この記事では、商業登記電子証明書の中身と取り方、マイナンバーカードとの比べ方をまとめます。

商業登記電子証明書とは

商業登記法12条の2で決められた、登記所の登記官が証明する電子証明書です。会社の代表者が請求でき、本店の所在地を管轄する登記所を経由して請求し、法務大臣が指定した登記所の登記官が証明します（同条5項）。

証明期間と手数料

証明期間は、請求する人が次のどちらかから選びます（商業登記規則33条の2）。

• 1か月
• 3か月の整数倍（3か月・6か月……で、2年3か月＝27か月まで）

手数料は1件500円で、証明期間が1か月を超えると、その超える期間1か月までごとに300円を足します（登記手数料令11条）。

取り方：オンラインか書面か

書面で請求するとき

商業登記規則33条の6では、請求には 申請書 と 電磁的記録（鍵の情報などを記録したデータ）を出すと決めています。

オンラインで請求するとき

登記・供託オンライン申請システムの案内では、「電子証明書発行申請書」は 申請用総合ソフト で作って出し、電子署名が必須 とされています。

電磁的記録の作り方、オンライン請求の電子署名に使える電子証明書、手数料の納め方は、この記事では法務省のページで確かめられませんでした。手続きの前に、法務省と法務局の案内で確かめてください。

登記を変えたときと、使うのをやめるとき

• 証明書に載っている事項（商号・本店・代表者）を変える登記をすると、そのことが電子認証登記所に知らされます（規則33条の12）。そのあと証明書を使い続けるなら、残りの期間について再度の請求ができます（規則33条の19）。本店移転や代表者の変更の登記（「本店移転」「役員の変更登記」）をしたら、証明書の扱いも確かめます
• 使うのをやめるときは、使用廃止の届出を書面でできます（規則33条の10）。一時的に使うのを休む届出もあります（規則33条の13）

マイナンバーカードとの使い分け

e-Taxの案内では、法人がe-Taxで申告などを送るときは、法人の代表者の電子証明書 で電子署名をします（税理士が代理で送る場合を除く）。代表者のマイナンバーカード（スマホのマイナンバーカードを含む）のほか、商業登記認証局が発行する電子証明書 や民間の認証局の電子証明書も使えます。

どちらが使えるかは、手続きごとに違います。

• e-Tax：どちらも使える（上のとおり）
• eLTAX：この記事では、eLTAXの公式ページで使える電子証明書を確かめられませんでした。eLTAXの「電子証明書」の案内で確かめてください
• 登記のオンライン申請：手続きごとに使える電子証明書が違うと、登記・供託オンライン申請システムの「利用可能な電子証明書」のページで案内されています
• 社会保険の電子申請：「GビズIDプライム」を使って申請する方法もあります

なお、e-Taxでは、代表者から委任を受けた役員や職員が、電子委任状 を付けて自分の電子署名で送る方法もあります。

参考

• 商業登記法（e-Gov法令検索）
• 商業登記規則（e-Gov法令検索）
• 登記手数料令（e-Gov法令検索）
• 電子証明書関係手続（登記・供託オンライン申請システム）
• 利用可能な電子証明書（登記・供託オンライン申請システム）
• 法人が利用可能な電子証明書には、法人代表者のマイナンバーカード以外に何がありますか（e-Tax）
• 電子証明書の取得（e-Tax）

この記事は一般的な情報です。会社ごとの判断は、税務署や税理士などの専門家に確認してください。